加强国税地税合作。新增不动产进项税额抵扣是营改增全面试点的重要内容之一，将大大减轻增值税纳税人的税收负担。但是，不动产进项税额抵扣是过去没有的事，风险必须充分评估。特别是，新增部分才能抵扣，这对于存量部分就会构成不公平，造成新企业比老企业在市场竞争中处于更有利的地位，带来的是一种人为的非对称式竞争。营改增之后中央和地方税收收入的重新划分更加迫切。营业税主要是地方税，且在地方财政收入体系中举足轻重。营改增试点初期将新增增值税收入作为地方税收入，较好地解决了地方财政收入问题。但是，随着全面试点的进行，其弊病就可能更加突出。全面营改增实施后增值税收入属于中央还是地方，主要看行业和业务。
增值税比例分享的设定会充分考虑调动中央、地方两个积极性，既要考虑激励机制，又要考虑各地经济发展情况。比如中西部欠发达地区，无缝铝管由于有赖于中央转移支付，希望中央在收入划分中占比更高。一是调节增值税分享比例，比如从目前中央与地方的75%和25%，改为五五分成，确保地方不因为营改增减少收入。适当增加地方债限额。考虑划给地方新的税种。就金融行业而言，鉴于政策出台和实施的间隔较短，金融业企业需要对营改增工作进行优先次级的安排，以实现价能算，账能记，票能开，税能报的增值税合规目的。
分享比例的确定不能鞭打快牛，不能扭曲经济结构。现实中，分享比例的确定，在很大程度上是维持中央和地方财力现状的选择，但也不排除财力的微调。共享税只要共享比例是事先确定的，同样具有很强的激励功能。为了增强增值税收入共享制度的激励功能，共享比例一旦确定，就不宜经常调整。基于营改增仍处于试点阶段的考虑，当前的增值税收入共享方案选择也只能是与试点相匹配的过渡方案。无论是选择什么样的收入划分比例，比如中央与地方按照5：5或者6：4分成，或者选择其他的分成比例，最主要考虑的是支出责任与财力的匹配因素。
新纳入营改增试点范围的企业应着重关注以下问题：所在行业是否存在过渡政策，所在行业的原营业税优惠政策是否得到顺延，企业是否存在跨境服务，企业是否存在视同销售、混合销售和兼营等。防止提前征税，征收过头税。防止改征增值税收入进项税抵扣部分该抵不让抵，对企业该退税的不退或缓退，以及对进项额核定标准过苛。防止运动式清理欠税、补税。防止人为手段不开增值税发票，或增加开票手续。防止企业道德风险，特别是利用不动产抵扣搞串通调账。财政部和税务总局也注意到了这些问题，日前已专门发文护航全面营改增。
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